シェアードサービスのデメリットとして、導入に至るまで社内やグループ会社内の間接部門間で多くの調整を必要とし、労力やコストが発生することが挙げられます。
シェアードサービスを導入するためには、これまでグループ会社や事業部がそれぞれ運用してきた業務フローやルール、システムなどを統一させる必要があります。業務をまとめたり、標準化したりするプロセスは非常に重要であると同時に多くの労力が発生します。グループ企業や事業部の数が多いとシェアードサービスにするメリットも大きい一方で、多くの関係者間での調整が必要となります。
また、シェアードサービスの導入に伴いシステムを変更する場合は、開発費やシステム導入費などのコストも発生します。複数のシステムを平行運用するケースもあります。長期的に見ると費用対効果が見込める一方で導入時には費用が発生し、継続的に運用費が発生するデメリットがあります。
そして、これまで使用していた業務フローやシステムが変更になるため、従業員が新しい体制に慣れるまでにある程度の時間が必要となります。シェアードサービスの導入は、大きな変化が生じるため従業員の協力が必要不可欠となる一大プロジェクトなのです。